Ubuntu R 包 - 旧版本

可用的旧版 R 版本

适用于 i386 和 amd64 上 Ubuntu 的 R 3.6 包，在大多数稳定的 Ubuntu 桌面版本中可用，直到其官方生命周期结束日期。但是，只有最新的长期支持 (LTS) 版本得到完全支持。截至 2018 年 11 月 18 日，支持的版本为 Bionic Beaver (18.04; LTS)、Xenial Xerus (16.04; LTS) 和 Trusty Tahr (14.04; LTS)。请注意，要安装 R 3.6 包，需要不同的 sources.list 条目。有关详细信息，请参见下文。即使 R 已升级到 3.6 版本，为了兼容性，sources.list 条目仍然使用 cran3.5 指定。

适用于 i386 和 amd64 上 Ubuntu 的 R 3.4 包，在所有稳定的 Ubuntu 桌面版本中可用，直到其官方生命周期结束日期，但 Bionic Beaver (18.04) 除外。但是，只有最新的长期支持 (LTS) 版本得到完全支持。截至 2018 年 11 月 18 日，支持的版本为 Xenial Xerus (16.04; LTS) 和 Trusty Tahr (14.04; LTS)。

有关详细信息，请参见 https://wiki.ubuntu.com/Releases。

安装

要获取最新的 R 3.6 包，请使用

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

或

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

或

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/

要获取最新的 R 3.4 包，请使用

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

或

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

在您的 /etc/apt/sources.list 文件中。通过使用 https://cloud.r-project.org，您将自动重定向到附近的 CRAN 镜像。有关当前 CRAN 镜像列表，请参见 https://cran.r-project.org.cn/mirrors.html。

要安装完整的 R 系统，请使用

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

需要从源代码编译 R 包的用户（例如：包维护者或任何使用 install.packages() 安装包的用户）还应安装 r-base-dev 包

sudo apt-get install r-base-dev

Ubuntu 的 R 包的行为与 Debian 包类似。您可以在 Debian README 文件中找到更多信息，该文件位于 https://cran.R-project.org/bin/linux/debian/。

安装和编译 R 或其某些包可能需要来自“backports”存储库的 Ubuntu 包。因此，建议使用类似于以下内容的条目激活 backports 存储库

deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ focal-backports main restricted universe

在您的 /etc/apt/sources.list 文件中。有关 Ubuntu 镜像列表，请参见 https://launchpad.net/ubuntu/+archivemirrors。

支持的包

许多 R 包可从 Ubuntu 存储库获得，其名称以 r-cran- 开头。以下这些在 CRAN 上保持最新：r-recommended 包捆绑包中的所有包，即

  • r-cran-boot
  • r-cran-class
  • r-cran-cluster
  • r-cran-codetools
  • r-cran-foreign
  • r-cran-kernsmooth
  • r-cran-lattice
  • r-cran-mass
  • r-cran-matrix
  • r-cran-mgcv
  • r-cran-nlme
  • r-cran-nnet
  • r-cran-rpart
  • r-cran-spatial
  • r-cran-survival

以及

  • r-cran-rodbc

其他 r-cran-* 包仅随 Ubuntu 版本更新。需要更新其中一个 R 包（例如 r-cran-foo）的用户应首先确保使用以下命令获取所有必需的构建依赖项：

sudo apt-get build-dep r-cran-foo

由于它们依赖于已安装的 R 版本，因此我们还在实验性基础上提供以下包的版本，这些版本与 Ubuntu 版本一样最新

  • littler
  • python-rpy2
  • jags

请注意，维护者不一定是这些包的使用者，因此通过常用渠道（见下文）提供正面或负面反馈将不胜感激。

最后，为了方便通过 Emacs 与 R 交互的 Ubuntu 用户，我们还提供最新版本的包

  • ess

安全 APT

随着 apt-key 的弃用，添加密钥的推荐方法是

wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

验证密钥

gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

指纹应为 E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9。

使用 apt-key

注意：Ubuntu 密钥服务器上存在第二个密钥的问题。有关详细信息以及如何删除，请参见 http://rubuntu.netlify.com/post/changes-to-cran-ubuntu-webpage-regarding-apt-secure-key/。

CRAN 上的 Ubuntu 存档使用“Michael Rutter ”的密钥签名，密钥 ID 为 0x51716619e084dab9。要使用一个命令将密钥添加到您的系统中，请使用（感谢 Brett Presnell 提供的提示）

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

可以使用另一种方法，通过以下命令检索密钥：

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

然后将其提供给 apt-key：

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

有些人报告使用这种方法时遇到困难。问题通常与防火墙阻止端口 11371 相关。如果第一个 gpg 命令失败，您可能需要尝试（感谢 Mischan Toosarani 提供的提示）

gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

然后将其提供给 apt-key：

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

另一种替代方法是在 http://keyserver.ubuntu.com:11371/ 上搜索密钥，并将密钥复制到纯文本文件（例如 key.txt）中。然后，使用以下命令将密钥提供给 apt-key：

sudo apt-key add key.txt

其他 CRAN 包

要获取更多 R 的二进制包（目前超过 4,000 个），请查看不同的 CRAN2deb4ubuntu PPA。

具体取决于您使用的 R 版本。