CRAN 任务视图:医学图像分析

维护者Brandon Whitcher、Jon Clayden、John Muschelli
联系方式bwhitcher at gmail.com
版本2022-08-31
URLhttps://CRAN.R-project.org/view=MedicalImaging
源代码https://github.com/cran-task-views/MedicalImaging/
贡献欢迎对本任务视图提出建议和改进,可以通过 GitHub 上的问题或拉取请求,或通过电子邮件发送给维护者地址。有关更多详细信息,请参阅 贡献指南.
引用Brandon Whitcher、Jon Clayden、John Muschelli (2022)。CRAN 任务视图:医学图像分析。版本 2022-08-31。URL https://CRAN.R-project.org/view=MedicalImaging.
安装可以使用 ctv 包自动安装本任务视图中的包。例如,ctv::install.views("MedicalImaging", coreOnly = TRUE) 安装所有核心包,或 ctv::update.views("MedicalImaging") 安装所有尚未安装和更新的包。有关更多详细信息,请参阅 CRAN 任务视图计划.

医学图像由磁共振成像 (MRI)、计算机断层扫描 (CT) 和正电子发射断层扫描 (PET) 等系统生成。它们通常是三维的,有时还具有随时间或方向变化的维度。此外,它们通常包含与扫描细节和图像与扫描对象的空间关系相关的重要的元数据。此信息与图像一起存储在为该领域设计的几种文件格式之一中。

本任务视图中的包旨在读取和写入这些文件,可视化医学图像并以各种方式处理它们。其中一些也适用于传统图像,一些通用图像处理包也可以用于医学图像数据。存储在每个像素或体素(3D 像素)中的图像强度通常自然地映射到 R array 中,array 是一个标准数据结构,因此适合与基本 R 和其他代码进行互操作。

数据输入/输出

DICOM

临床影像设备输出数据的行业标准格式是 DICOM(医学数字影像与通信)。DICOM“标准”非常广泛且复杂。粗略地说,每个符合 DICOM 标准的文件都是由组织成两个四字节序列(组,元素)的字段集合,这些序列以十六进制数表示并形成一个标签。 (组,元素)组合宣布接下来是什么类型的信息。DICOM 标头没有固定字节数。最后一个(组,元素)标签应该是“数据”标签(7FE0,0010),这样所有后续信息都与图像相关。在实践中,与实际 DICOM 文件相关的许多供应商特定怪癖,使得一致处理成为一项重大挑战。

ANALYZE 和 NIfTI

虽然医学影像数据的行业标准是 DICOM,但另一种格式已在图像分析社区中得到广泛使用。ANALYZE 格式最初是与梅奥基金会的图像处理系统(同名)一起开发的。ANALYZE (7.5) 格式图像由两个文件组成,“hdr”和“img”文件,分别包含有关采集和图像数据本身的信息。这种格式的最新改编被称为 NIfTI-1,是神经影像信息技术倡议 (NIfTI) 的数据格式工作组 (DFWG) 的产品。NIfTI-1 数据格式几乎与 ANALYZE 格式相同,但提供了一些改进:将标头和图像信息合并到一个文件 (.nii) 中,将 348 字节固定标头重新组织成更相关的类别,以及扩展标头信息的可能性。

其他格式

还有许多其他格式特定于某些其他软件包或应用程序。

可视化

磁共振成像 (MRI)

弥散 MRI

功能性磁共振成像

结构性磁共振成像

模拟

磁共振波谱 (MRS)

MRS 使用与 MRI 相同的基本扫描仪技术,但侧重于使用它来获取化学光谱。这用于测量各种化学化合物的浓度,包括在医学环境中,具有重要生化作用的代谢物。

通用图像处理

正电子发射断层扫描 (PET)

脑电图 (EEG)

CRAN 包

核心adimprodivestdtiedfReadereegkitfmrimmandMorphomritcneuroimneuRosimoccoro.dicomoro.niftioro.petRNiftiRNiftyRegRvcgtractor.base.
常规adaptsmoFMRIbayesImageSbrainRciftiDICOMreaddmri.trackingfreesurferformatsfslrgiftiimbibenifti.ioPTAkspant.
已归档qMRIraveio.

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