CRAN 任务视图:农业科学

维护者Julia Piaskowski、Adam Sparks、Adrian Correndo
联系方式julia.piask at gmail.com
版本2024-03-06
URLhttps://CRAN.R-project.org/view=Agriculture
源代码https://github.com/cran-task-views/Agriculture/
贡献欢迎对本任务视图提出建议和改进,可以通过 GitHub 上的问题或拉取请求,或通过电子邮件发送给维护者地址。有关更多详细信息,请参阅 贡献指南
引用Julia Piaskowski、Adam Sparks、Adrian Correndo (2024)。CRAN 任务视图:农业科学。版本 2024-03-06。URL https://CRAN.R-project.org/view=Agriculture。
安装可以使用 ctv 包自动安装此任务视图中的包。例如,ctv::install.views("Agriculture", coreOnly = TRUE) 安装所有核心包,或 ctv::update.views("Agriculture") 安装所有尚未安装和更新的包。有关更多详细信息,请参阅 CRAN 任务视图计划

农业涵盖了广泛的学科。基础 R 中的许多包和贡献的包对农业研究人员很有用。因此,这不是所有对农业研究有用的包的详尽列表。此 CRAN 任务视图旨在涵盖大多数情况下为支持农业研究和分析需求而开发的主要包。

请注意,其中一些包位于 CRAN 上,而另一些则位于 GitHub、Bioconductor 或 R-Forge 上。

如果您认为此列表中缺少某个包,请通过 GitHub 存储库 中的问题或拉取请求告知我们。

目录

具有通用应用的包

农业和土地利用数据库

农业数据集

本指南中列出的许多以农业为中心的软件包还包括数据集来说明其功能(例如 agricolaeAgroTechBGLR)。

支持农业研究的通用分析包

MixedModels 任务视图提供了与拟合一般和广义线性混合模型相关的软件包的综合列表。

学科专用包

农业经济学

有关与农业经济相关的软件包和工具的信息,请查看 Econometrics、(经验)FinanceTimeSeries 任务视图。

农业气象学

Hydrology 包含许多用于访问和处理天气和气候数据的资源。

农艺试验

实验设计

ExperimentalDesign 的任务视图提供了有关各种研究问题的实验设计的更多信息。

高通量表型分析 (HTP)

试验分析

动物科学

Tracking 任务视图包含许多用于处理跟踪动物数据和研究动物运动的资源。

育种和数量遗传学

有关支持高通量基因组数据处理的生物信息学工具,请参阅 R 软件包存储库 Bioconductor

连锁图谱和 QTL 分析

有几个软件包专注于 Bioconductor 上的连锁不平衡

GWAS(全基因组关联研究)

Bioconductor 上有许多 GWAS 包,CRAN 中还有大量未列出的其他 GWAS 包。此处列出的包在农业中常见的育种群体中具有特定的应用。

基因组预测

作物生长模型和作物模拟

昆虫学

食品科学

有关支持感官研究的包,请参见 Psychometrics 任务视图。

基因型-环境相互作用

植物病理学

Epidemiology 任务视图列出了与植物病害建模相关的软件包。

农村社会学

有关一般社会学软件包,请参阅 Psychometrics 任务视图。

土壤科学与精准农业

遥感

杂草科学

对于生态学研究和分析应用,Environmetrics 任务视图提供了该主题中现有 R 资源的列表。

CRAN 软件包

核心AGHmatrix, agricolae, agridat, apsimx, aqp, cdlTools, drc, DSSAT, FedData, inti, meteor, nlraa, qtl, sommer, tidyUSDA.
常规acdcR, ag5Tools, AGPRIS, agricolaeplotr, agrifeature, agriTutorial, agriwater, AgroR, AgroReg, agrostab, AgroTech, AlphaSimR, ALUES, AquaBEHER, ascotraceR, ASMap, asremlPlus, bayesammi, BGGE, BGLR, bigleaf, biometryassist, biotools, bravo, BWGS, climatrends, ClimMobTools, coxme, cropdatape, cropDemand, cropgrowdays, CropScapeR, cropZoning, Dasst, desplot, DMMF, drcte, eemdTDNN, epifitter, Evapotranspiration, FAO56, FAOSTAT, FielDHub, fruclimadapt, FWRGB, geneticae, gge, gosset, gpbStat, grapesAgri1, GSelection, GSMX, hagis, heritability, hnp, IBCF.MTME, ispd, KenSyn, kgc, kinship2, landsepi, LinkageMapView, lmDiallel, lue, LW1949, LWFBrook90R, mappoly, mapsRinteractive, metan, MeTo, metrica, mlmm.gwas, MoBPS, mpspline2, mvngGrAd, NutrienTrackeR, OBIC, onemap, PBIBD, pedigree, pedigreemm, pedmod, pedometrics, pergola, PesticideLoadIndicator, pestr, PGRdup, photosynthesis, plantecophys, pliman, polymapR, polyqtlR, poppr, PopVar, PROSPER, QBMS, qgg, qgtools, QI, qtlpoly, QTLRel, rapsimng, rarms, Recocrop, resevol, rfieldclimate, rMVP, rnassqs, rPAex, Rquefts, rrBLUP, rusda, Rwofost, satellite, selection.index, sharpshootR, SIMplyBee, soilassessment, soilDB, SoilR, SoilTaxonomy, soiltestcorr, SoilTesting, soiltexture, soilwater, sorcering, SoyNAM, SpATS, spectralR, spFW, spsh, stability, statgenGWAS, statgenGxE, statgenHTP, statgenIBD, statgenMPP, statgenSTA, STGS, stlELM, tealeaves, toolStability, TSDFGS, usdampr, variability, WCM, weaana, ZeBook.
已归档smapr.

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