CRAN 任务视图:系统发育

维护者William Gearty, Brian O'Meara, Jacob Berv, Gustavo A. Ballen, Diniz Ferreira, Hilmar Lapp, Lars Schmitz, Martin R. Smith, Nathan S. Upham, Jonathan A. Nations
联系方式willgearty at gmail.com
版本2024-01-30
URLhttps://CRAN.R-project.org/view=Phylogenetics
源代码https://github.com/cran-task-views/Phylogenetics/
贡献欢迎对该任务视图提出建议和改进,可以通过 GitHub 上的问题或拉取请求,或通过电子邮件发送给维护者地址。有关更多详细信息,请参阅 贡献指南
引用William Gearty, Brian O'Meara, Jacob Berv, Gustavo A. Ballen, Diniz Ferreira, Hilmar Lapp, Lars Schmitz, Martin R. Smith, Nathan S. Upham, Jonathan A. Nations (2024). CRAN 任务视图:系统发育。版本 2024-01-30。URL https://CRAN.R-project.org/view=Phylogenetics.
安装可以使用 ctv 包自动安装此任务视图中的包。例如,ctv::install.views("Phylogenetics", coreOnly = TRUE) 安装所有核心包,或 ctv::update.views("Phylogenetics") 安装所有尚未安装和更新的包。有关更多详细信息,请参阅 CRAN 任务视图计划

概述

生命的历史在系统发育的背景下展开,系统发育树(通常简称为“树”)被用来表示这种进化历史。比较系统发育方法是用于分析这种系统发育树上的历史模式的统计方法。此任务视图描述了 R 包,这些包 (i) 促进系统发育树的处理、操作和分析;(ii) 实现比较系统发育方法;(iii) 将系统发育方法应用于特定学科。这是一个活跃的研究领域,许多信息可能会发生变化。许多重要的包不在 CRAN 上:要么它们以前在 CRAN 上,后来被存档(例如,如果它们未能将必要的更改纳入 R 更新),要么它们在其他地方开发,尚未在 CRAN 上提供。这些包可以在 GitHub、R-Forge、Bioconductor 或作者的网站上找到。在这个领域,至少有十个包以 phy* 开头,包括两对名称相似的包(phytools 和 phylotools,phylobase 和 phybase);鼓励用户仔细阅读并区分包名称。

如果您有任何问题,请随时联系任务视图维护者或特定包的维护者。也可以在订阅后向 R-SIG-Phylo 邮件列表提出问题。

范围

核心包

任务

任务视图中的包属于以下一个或多个任务类别

  1. 在 R 中使用树:专门用于处理、操作和可视化系统发育数据的包
  2. 在 R 中构建树:用于系统发育推断和树模拟的包
  3. 比较系统发育方法:用于执行各种比较系统发育方法的包,包括处理性状进化和多样化的包
  4. 其他领域中的系统发育学:旨在执行特定领域系统发育分析的包,包括古生物学、群落生态学、生物地理学和遗传学
  5. 其他有用的包和杂项:用于执行系统发育分析的包,例如分类匹配

在 R 中使用树

将树导入 R

树操作

树可视化

树比较

系统发育总结统计

R 中的树构建

系统发育推断

分歧时间

树模拟

系统发育比较方法

祖先状态重建

性状进化

性状模拟

多样化分析

特定领域的系统发育学

形态计量学

时间序列和古生物学

群落和微生物生态学

系统发育气候建模

系统发育地理学和生物地理学

流行病学

有关流行病学(包括系统发育流行病学)中实用软件包的详细信息,请参阅 Epidemiology 任务视图。

组学

基因树-物种树和物种界定

其他实用软件包和杂项

分类学

与其他程序的交互

参考文献

CRAN 包

核心apegeigerphylobasephytools
常规adephylo, adiv, apex, aphid, aphylo, BAMMtools, beastier, beautier, betapart, BoSSA, brms, CALANGO, caper, castor, Claddis, convevol, CRABS, DAMOCLES, DDD, deeptime, dendextend, dispRity, distory, diversitree, entropart, epm, evobiR, EvoPhylo, FossilSim, geomorph, ggmuller, ggplot2, GUniFrac, hisse, HMPTrees, idendr0, ips, markophylo, MCMCglmm, metacoder, metafor, motmot, MPSEM, mvMORPH, nLTT, ouch, OUwie, paleobuddy, paleotree, paleoTS, PBD, PCPS, phangorn, phyclust, phyext2, phylocanvas, phyloclim, PHYLOGR, phylogram, phylolm, phyloregion, phylosignal, phylotate, phylotools, phyloTop, phyreg, picante, pmc, Quartet, RevGadgets, Revticulate, rncl, RNeXML, Rogue, rotl, RPANDA, Rphylopars, RRPP, secsse, SigTree, strap, surface, SYNCSA, taxize, TBRDist, TESS, tidytree, tracerer, treebalance, treebase, treedater, TreeDist, TreeSearch, TreeSim, treespace, treestats, TreeTools, vegan, windex.
已归档perfectphyloR.

其他资源