维护者 | William Gearty, Brian O'Meara, Jacob Berv, Gustavo A. Ballen, Diniz Ferreira, Hilmar Lapp, Lars Schmitz, Martin R. Smith, Nathan S. Upham, Jonathan A. Nations |
联系方式 | willgearty at gmail.com |
版本 | 2024-01-30 |
URL | https://CRAN.R-project.org/view=Phylogenetics |
源代码 | https://github.com/cran-task-views/Phylogenetics/ |
贡献 | 欢迎对该任务视图提出建议和改进,可以通过 GitHub 上的问题或拉取请求,或通过电子邮件发送给维护者地址。有关更多详细信息,请参阅 贡献指南。 |
引用 | William Gearty, Brian O'Meara, Jacob Berv, Gustavo A. Ballen, Diniz Ferreira, Hilmar Lapp, Lars Schmitz, Martin R. Smith, Nathan S. Upham, Jonathan A. Nations (2024). CRAN 任务视图:系统发育。版本 2024-01-30。URL https://CRAN.R-project.org/view=Phylogenetics. |
安装 | 可以使用 ctv 包自动安装此任务视图中的包。例如,ctv::install.views("Phylogenetics", coreOnly = TRUE) 安装所有核心包,或 ctv::update.views("Phylogenetics") 安装所有尚未安装和更新的包。有关更多详细信息,请参阅 CRAN 任务视图计划。 |
生命的历史在系统发育的背景下展开,系统发育树(通常简称为“树”)被用来表示这种进化历史。比较系统发育方法是用于分析这种系统发育树上的历史模式的统计方法。此任务视图描述了 R 包,这些包 (i) 促进系统发育树的处理、操作和分析;(ii) 实现比较系统发育方法;(iii) 将系统发育方法应用于特定学科。这是一个活跃的研究领域,许多信息可能会发生变化。许多重要的包不在 CRAN 上:要么它们以前在 CRAN 上,后来被存档(例如,如果它们未能将必要的更改纳入 R 更新),要么它们在其他地方开发,尚未在 CRAN 上提供。这些包可以在 GitHub、R-Forge、Bioconductor 或作者的网站上找到。在这个领域,至少有十个包以 phy* 开头,包括两对名称相似的包(phytools 和 phylotools,phylobase 和 phybase);鼓励用户仔细阅读并区分包名称。
如果您有任何问题,请随时联系任务视图维护者或特定包的维护者。也可以在订阅后向 R-SIG-Phylo 邮件列表提出问题。
ape 实现 S3 phylo 类,该类通常用于在 R 中存储系统发育树。它通常用于以 Newick/Phylip 和 NEXUS 格式读取、写入和可视化树。它还具有许多用于操作树的功能(例如,对树进行根化、删除尖端、随机解决多叉树)、推断树(例如,邻接连接、bio-nj 和快速 ME 方法)以及执行系统发育比较分析(例如,重建离散和连续特征,拟合性状进化和多样化的基本模型)。它还可以用于生成随机树、从 GenBank 中提取数据,以及创建谱系随时间推移图和相关图。
phylobase 实现 S4 phylo4 类,它将系统发育树和比较数据结合在一起。虽然不像 S3 phylo 类那样常用,但这个新类在实现系统发育比较方法的新包中越来越受欢迎(例如,adephylo 和 phylosignal)。
geiger 实现了一套用于分析性状进化和多样化的模型拟合方法。它最常用于拟合和比较各种离散和连续性状进化的模型(例如,布朗运动、奥恩斯坦-乌伦贝克、佩吉尔变换以及具有趋势的模型)。它也常用于模拟系统发育树以及离散和连续性状的进化。它还有一些辅助函数,这些函数经常被其他包使用。
phytools 具有不断增加的功能范围,用于执行系统发育比较分析和可视化(例如,投影到形态空间)、操作(例如,分支长度缩放和变换、添加提示、查找子树)、读取或写入,甚至推断系统发育树和比较数据。
任务视图中的包属于以下一个或多个任务类别
"simmap"
树。"simmap"
对象,将具有映射字符的树转换为具有无分支节点的简单 "phylo"
对象或将根边缘转换为单个无分支节点,以及其他操作。diversitree:::plot2.phylo()
调用)。有关流行病学(包括系统发育流行病学)中实用软件包的详细信息,请参阅 Epidemiology 任务视图。
核心 | ape,geiger,phylobase,phytools。 |
常规 | adephylo, adiv, apex, aphid, aphylo, BAMMtools, beastier, beautier, betapart, BoSSA, brms, CALANGO, caper, castor, Claddis, convevol, CRABS, DAMOCLES, DDD, deeptime, dendextend, dispRity, distory, diversitree, entropart, epm, evobiR, EvoPhylo, FossilSim, geomorph, ggmuller, ggplot2, GUniFrac, hisse, HMPTrees, idendr0, ips, markophylo, MCMCglmm, metacoder, metafor, motmot, MPSEM, mvMORPH, nLTT, ouch, OUwie, paleobuddy, paleotree, paleoTS, PBD, PCPS, phangorn, phyclust, phyext2, phylocanvas, phyloclim, PHYLOGR, phylogram, phylolm, phyloregion, phylosignal, phylotate, phylotools, phyloTop, phyreg, picante, pmc, Quartet, RevGadgets, Revticulate, rncl, RNeXML, Rogue, rotl, RPANDA, Rphylopars, RRPP, secsse, SigTree, strap, surface, SYNCSA, taxize, TBRDist, TESS, tidytree, tracerer, treebalance, treebase, treedater, TreeDist, TreeSearch, TreeSim, treespace, treestats, TreeTools, vegan, windex. |
已归档 | perfectphyloR. |