CRAN 任务视图:基因组学、蛋白质组学、代谢组学、转录组学和其他组学

维护者Julie Aubert、Toby Dylan Hocking、Nathalie Vialaneix
联系方式julie.aubert at inrae.fr
版本2024-02-19
网址https://CRAN.R-project.org/view=Omics
来源https://github.com/cran-task-views/Omics/
贡献欢迎您对本任务视图提出建议和改进,您可以通过 GitHub 上的问题或拉取请求,或通过电子邮件发送给维护者地址。有关更多详细信息,请参阅 贡献指南.
引用Julie Aubert、Toby Dylan Hocking、Nathalie Vialaneix (2024)。CRAN 任务视图:基因组学、蛋白质组学、代谢组学、转录组学和其他组学。版本 2024-02-19。网址 https://CRAN.R-project.org/view=Omics.
安装可以使用 ctv 包自动安装此任务视图中的软件包。例如,ctv::install.views("Omics", coreOnly = TRUE) 安装所有核心软件包,或 ctv::update.views("Omics") 安装所有尚未安装和更新的软件包。有关更多详细信息,请参阅 CRAN 任务视图计划.

本任务视图重点关注最主要的用于组学数据分析的 CRAN 包,包括与注释和数据库相关的包。组学一词涉及各种以“-omics”结尾的生物学科,例如基因组学、蛋白质组学、代谢组学、转录组学。我们包含了发布日期超过一年的并且定期更新的 CRAN 包。因此,非常新的包可能尚未出现,但如果它们得到维护,可能会很快被包含进来。还包含了来自 Bioconductor 项目 的一些额外包,并非旨在提供详尽的描述,而是指向必须了解的包或专注于 CRAN 包未充分涵盖的组学包。补充信息也可以在 PhylogeneticsMachineLearningAgricultureMissingData 任务视图中找到。请注意,涵盖统计遗传学数据(DNA 数据、单倍型估计、种群结构、遗传流行病学)、系统发育学和系统发育基因组学的包不在本任务视图的范围内。更多包可以在 BioconductorR-ForgeGitHub 上找到。

如果您认为我们遗漏了此列表中的一些重要包,请通过电子邮件联系维护者,或在上面链接的 GitHub 存储库中提交问题或拉取请求。

任务视图按主要主题结构化

注释和数据库

基因组学

转录组学

微阵列或其他连续表达数据

RNA-seq 数据

单细胞 RNA-seq

蛋白质组学

代谢组学

其他组学

多组学

特定任务

质量控制和归一化

ChIP-seq 和 ATAC-seq 等数据的峰值调用和分析

多重检验

高维数据正则化

网络

聚类

可视化

缺失值

特定应用领域

CRAN 包

核心aLFQbiomartrChemoSpecGeneNetGenomicTools.fileHandlero2plsdapagoda2PMASeuratWebGestaltRWGCNAwrProteo
常规ActivePathways, ADAPTS, adjclust, agvgd, alakazam, aliases2entrez, ampir, AnaCoDa, AnnotationBustR, aroma.cn, babelgene, BarcodingR, BASiNET, bayefdr, BClustLonG, BED, BiasCorrector, bio3d, BioInsight, bioseq, BisqueRNA, BRINDA, canprot, Cascade, CascadeData, CB2, cbioportalR, CePa, CeRNASeek, chromoMap, clustermole, compas, conos, CovCombR, cp4p, cubfits, cumSeg, depthTools, desiR, DGEobj, DGEobj.utils, DiffCorr, diffEnrich, DiPALM, directPA, DIscBIO, DiscreteFDR, dnapath, DRaWR, driveR, DRomics, dsb, dynwrap, DysPIA, DysPIAData, EMMIXgene, enrichR, enveomics.R, erah, fbar, FiRE, flippant, ftrCOOL, func2vis, GANPA, GANPAdata, GeneCycle, geneExpressionFromGEO, geno2proteo, genoPlotR, gggenes, glmmSeq, GOxploreR, gprofiler2, graphsim, GSA, hgnc, hommel, hsstan, HTSCluster, ICAMS, iCARH, ICBioMark, ICDS, iCellR, IMIX, imp4p, imputeLCMD, imsig, integIRTy, InteRD, interep, ioncopy, iq, JBrowseR, JSparO, KRIS, krm, leapp, liger, lilikoi, lineup, lineup2, lmQCM, LPS, LSPFP, LUCIDus, MAAPER, maGUI, Map2NCBI, markerpen, MCMC.qpcr, metaboData, MetabolicSurv, MetabolomicsBasics, MetaIntegrator, metaMA, metaRNASeq, MetSizeR, mi4p, miic, MINTplates, MiRNAQCD, MOSS, mpm, mpmi, msigdbr, mutSignatures, NACHO, nanostringr, NBBttest, NBPSeq, net4pg, netgsa, networkABC, NewmanOmics, OmicNavigator, omicwas, omu, oncoPredict, optBiomarker, OptCirClust, ORIClust, packMBPLSDA, parmigene, pathfindR, pathfindR.data, pathwayTMB, Patterns, pbm, PeakError, PeakSegDisk, PeakSegJoint, PeakSegOptimal, permPATH, phateR, pinfsc50, PINSPlus, POD, popPCR, PQLseq, PredCRG, prioGene, prioritylasso, protti, protViz, prozor, PSCBS, PSSMCOOL, ptm, PTXQC, RAMClustR, rBiasCorrection, RCircos, RcmdrPlugin.depthTools, read.gb, Rediscover, regnet, RGBM, RHclust, riceidconverter, RIdeogram, RNAseqNet, RNAsmc, RNentropy, RobustRankAggreg, rPanglaoDB, rSEA, RVA, scBio, sccore, scINSIGHT, scLink, scoper, SCORPIUS, scSorter, scTenifoldKnk, scTenifoldNet, semmcmc, seqgendiff, seqinr, SeqNet, SeuratObject, SIBERG, sigminer, Signac, SignacX, sigora, SIMMS, singleCellHaystack, SlaPMEG, slfm, SMDIC, SMVar, solvebio, sonicLength, SoupX, ssize.fdr, statVisual, stochprofML, supclust, SurrogateRegression, survival666, TailRank, TCA, TcGSA, TGS, tidyestimate, tinyarray, Tmisc, tmod, topologyGSA, toprdata, treefit, VALERIE, valr, VAM, vhica, volcano3D, whitening, wilson, wrMisc, ypssc.

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